復制子
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譚峰源編撰
定義：
復制子（replicon）：是DNA復制時從一個DNA復制起點開始最終由這個起點起始的復制叉完成的片段。DNA 中發(fā)生復制的獨立單位稱為復制子。每個復制子使用一次，并且在每個細胞周期中只有一次。復制子中含有復制需要的控制元件。在復制的起始位點具有原點，在復制的終止位點具有終點。說的通俗一點,就象看實物畫畫一樣,從實物的一個點開始畫,一直畫到開始的那個點結(jié)束,這樣才算完成了一幅作品。
復制子假說：
F.Jacob等在1963年提出的有關染色體復制調(diào)節(jié)機制活動的假說。他們把自主復制的單位稱復制子，例如大腸桿菌的染色體DNA，其本身是一個復制子，附加體和質(zhì)粒也是復制子。該假說假定每個復制子有稱為復制基因的結(jié)構(gòu)部分，以及稱為起始因子的產(chǎn)生于細胞質(zhì)性物質(zhì)的基因。例如，大腸桿菌的DNA生成對大腸桿菌特異的起始因子，它只作用于大腸桿菌的復制基因，從此開始復制。F因子也是如此，例如當F因子整合進入大腸桿菌染色體而成為Hfr狀態(tài)時，F(xiàn)因子DNA便作為大腸桿菌復制子的一部分進行復制。此外，高等生物的染色體可認為是許多復制子縱向連接而成的。在復制子學說中，假定正調(diào)節(jié)起主導作用，這與轉(zhuǎn)錄的調(diào)節(jié)中負調(diào)節(jié)起核心作用的情況是相反的。
原核生物一般來說只有一個復制起點，整個DNA都由這個起點開始的復制叉完成，所以它們的DNA是“單復制子”的。真核細胞是多個復制起點，每個起點開始各自完成一個片段最終相連完成整體復制，所以是“多復制子”的。
復制子的結(jié)構(gòu)信息：
很多實驗都證明：復制是從DNA分子上的特定部位開始的，這一部位叫做復制起始點(originof replication)常用ori或o表示。細胞中的DNA復制一經(jīng)開始就會連續(xù)復制下去，直至完成細胞中全部基因組DNA的復制。DNA復制從起始點開始直到終點為止，每個這樣的DNA單位稱為復制子或復制單元(replicon)。在原核細胞中，每個DNA分子只有一個復制起始點，因而只有一個復制子，而在真核生物中，DNA的復制是從許多起始點同時開始的，所以每個DNA分子上有許多個復制子。每個復制子都含有一個復制起點。原核生物的染色體和質(zhì)粒、真核生物的細胞器DNA都是環(huán)狀雙鏈分子，它們都是單復制子，都在一個固定的起點開始復制，復制方向大多數(shù)是雙向的，少數(shù)是單向復制。多數(shù)是對稱復制，少數(shù)是不對稱復制（一條鏈復制后才進行另一條鏈的復制）。原核基因組中只含有一個復制子，所以復制的單位就是分離的單位。細菌染色體本身就是最大的復制子。在唯一的原點起始就會引起整個基因組的復制，這個過程在每次分裂中發(fā)生一次。每個單倍體細菌都只有一個染色體，這種復制的控制稱為單拷貝。
細菌可能會在質(zhì)粒中含有其他的遺傳信息。質(zhì)粒(Plasmid)是包括獨立復制子的環(huán)狀DNA 基因組。一個質(zhì)粒復制子可能同基因組一起復制(單拷貝復制)或受到另一種調(diào)控。當質(zhì)粒的拷貝數(shù)多于細菌染色體數(shù)時，復制受多拷貝控制。每個噬菌體或病毒DNA 也都含有一個復制子，能在一個感染循環(huán)中引發(fā)多次復制。所以可
能一個更好的看待原核生物復制子的方法就是改變它的定義：任何包括復制原點的DNA分子都能在細胞中自主復制。細菌和真核生物基因組在其組織形式上的一個主要區(qū)別體現(xiàn)在它們的復制中。每個真核生物的染色體都包括很多復制子。所以在染色體上分開的DNA 包括許多復制的單位。這就為復制的控制增加了負擔。所有處在同一個染色體上的復制子在一個細胞周期中都會被復制，雖然它們不是同時被激活的，而是在一個相當長的時期內(nèi)被激活的。然而這些復制子中的每一個都必須在這一細胞周期中只被激活一次。必須有信號來區(qū)別已復制的復制子和未復制的復制子，使復制子不被多次復制。由于許多復制子都被獨立的激活，所以還需要另外的信號來證明所有的復制子已完成了復制過程。
細菌基因組是環(huán)形單個復制子：
為了正確的遺傳，一個細菌復制子需要一下功能：1、起始復制的過程。2、控制起始的頻率。3、將復制的染色體分到子細胞中去。前兩種功能都是原點來行使。分配可能是一種獨立的功能，但在原核系統(tǒng)中通常與鄰近原點的序列有關。真核生物的原點不行使分配的功能，它只與復制有關。
根據(jù)一個普遍的規(guī)律，含有原點的DNA序列可通過它能使與之連接的DNA復制的能力來分離。當把含有原點的DNA 克隆到無原點的分子中時，就會產(chǎn)生一個能夠自主復制的質(zhì)粒，好像原點的DNA 包括識別自主復制原點所需要的所有序列。
在細菌、酵母、葉綠體和線立體中都鑒定出原點，但在高等生物中尚未鑒定。原點的共同的特點是整體A-T 含量很高。推測這可能與DNA 復制起始時解鏈需要有關。E. coli基因組的復制以雙向方式從一個原點oriC 開始。將oriC 與任意一段DNA序列連接都能使其在E. coli 復制。通過減少oriC 克隆片段大小的方法檢測出起始復制所需的序列為一個bp 的片段。原核復制子通常是環(huán)狀的——DNA 形成一個沒有游離端的閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu)。環(huán)狀結(jié)構(gòu)包括細菌染色體本身、所有的質(zhì)粒和許多噬菌體。這種情況在線立體和葉綠體DNA 中也很常見。環(huán)狀分子的復制避免了線形分子末端無法復制的問題，但卻引起了如何結(jié)束復制的問題。
細菌染色體以一個復制單位從oriC 開始雙向復制。在oriC上形成兩個復制叉，并延伸到整個基因組(以大致相同的速度)。終止發(fā)生在不同的位置。
真核染色體含有多個復制子：
在真核細胞中，DNA復制只是細胞周期的一部分。S期是分裂間期的一部分，通常在高等真核細胞中持續(xù)數(shù)小時。真核染色體中所包含的大量DNA 分為許多復制子復制。只有很少的復制子可以在S期的任何時間復制。盡管沒有充足的證據(jù)但很可能每個復制子在S 期的特定時間被激活。第一個復制子的激活標志著S期的開始。在接下來的幾個小時里，其余的復制子相繼發(fā)生起始。
酵母復制子原點的分離：
每段含有復制原點的DNA 都應該能夠復制。所以盡管在真核生物中質(zhì)粒很罕見，但可通過合適的方法在體外構(gòu)建。這種方法雖然在高等真核生物中未實現(xiàn)但在酵母中已經(jīng)成功。釀酒酵母中的突變能通過導入野生型基因的DNA“轉(zhuǎn)化”為野生型。有些酵母的DNA片段(當環(huán)化后)能夠高效的轉(zhuǎn)化缺陷細胞。這些片段能以不整合(自主)狀態(tài)存在，即作為自主復制的質(zhì)粒存在。一種高頻轉(zhuǎn)化片段包含能使其在酵母中復制能力的序列。這種序列稱為自主復制序列(ARS)。ARS元件屬于復制原點；復制在ARS元件在染色體所處的位置上起始。具有ARS 功能的序列出現(xiàn)的頻率與復制原點出現(xiàn)的平均頻率大致相同。對染色體區(qū)域上的ARS元件定位發(fā)現(xiàn)，事實上似乎只有一部分用來起始復制。其余ARS是沉默的，或很可能偶爾被用到。如果一些區(qū)域確實可能用不到，那么在復制子之間可能不存在固定的終點
有關線形復制子的問題：
復制子多數(shù)沒有線形的末端：它們或者是環(huán)狀的(就像在E. coli或線立體基因組中)或者是長單位的片段(例如真核染色體中)。但有些情況下線形復制子在真核染色體末端以單一的染色體外單位存在。所有已知的核酸聚合酶，無論是DNA還是RNA聚合酶都以5到3的方向聚合，這就造成了在線形DNA 復制子末端合成的問題。
1、這一問題可以通過將線形復制子轉(zhuǎn)變?yōu)榄h(huán)狀或多分子解決，噬菌體如T4 和使用這種機制DNA 可能形成特殊的結(jié)構(gòu)——例如在末端形成發(fā)夾，使分子中沒有游離末端。
2、草履蟲(Paramecium)中線立體的線形DNA 是通過形成交聯(lián)來完成復制的。
3、有些情況下，可能復制后末端會發(fā)生變化。真核生物的染色體可能u28857 采取這種形式，復制后DNA 末端相同單位的拷貝數(shù)變化。增加或減少單位的機制不再需要從末端開始復制。
4、某些蛋白質(zhì)可能會協(xié)助從線形末端的起始。幾種線形的核酸具有與5端堿基共價結(jié)合的蛋白質(zhì)。了解最清楚的例子是腺病毒(Adenovirus)DNA，噬菌體Φ29DNA和脊髓灰質(zhì)炎病毒(Poliovirus) RNA。一個在線形末端起始的例子是腺病毒和噬菌體Φ29的DNA，這些DNA確實是在末端起始復制，相同的事件能獨立的發(fā)生在任一端。一條新鏈從一個末端起始合成，代替原來相同的鏈。當復制叉到達分子的另一端時，被代替的鏈被釋放。接著它被獨立的復制；這需要在分子末端一些短的互補序列形成雙鏈區(qū)。
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