真核rDNA序列的基因片段包含18S，5.8S和28S束，形成一個(gè)串聯(lián)重復(fù)集群；NTS、非轉(zhuǎn)錄間隔、ETS、外部轉(zhuǎn)錄間隔、ITS、內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔1和2，從5'末端編號(hào)。

核糖體DNA（Ribosomal DNA，rDNA）是一種DNA序列，該序列用于rRNA編碼。核糖體是蛋白質(zhì)和rRNA分子的組合，翻譯mRNA分子以產(chǎn)生蛋白質(zhì)的組件。如該圖所示，真核生物的rDNA包括一個(gè)單元段，一個(gè)操縱子，以及由非轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)、ETS轉(zhuǎn)錄因子家族、18S、ITS1、5.8S、ITS2和28S束組成的串聯(lián)重復(fù)序列。rDNA的還有另一個(gè)基因，由5S rRNA基因編碼，位于大多數(shù)真核生物的基因組中^[1]。5S rDNA序列也存在于果蠅的串聯(lián)重復(fù)序列^[1]。

重復(fù)單元的序列同質(zhì)性

在大型的rDNA序列，rDNA的重復(fù)單元之間的多態(tài)性非常低，這表明rDNA的串聯(lián)陣列通過協(xié)同進(jìn)化演變^[1]。在對(duì)9種果蠅的5S串聯(lián)重復(fù)序列區(qū)域彼此進(jìn)行比較后得出的結(jié)果表明，因這一區(qū)域插入和刪除較為頻繁，在5'端以及3'端兩側(cè)發(fā)現(xiàn)有保守序列^[2]。他們可能在DNA復(fù)制或通過基因轉(zhuǎn)換的過程中發(fā)生新合成鏈的復(fù)制滑動(dòng)^[2]。

序列趨異對(duì)系統(tǒng)發(fā)生學(xué)的解釋

遠(yuǎn)端物種如人類和青蛙之間進(jìn)行ITS束序列的比較是不恰當(dāng)?shù)?sup id="cite_ref-Sumida_2-0" class="reference">[3]。而rDNA編碼區(qū)域的保守序列則允許遠(yuǎn)端物種甚至在酵母和人類之間進(jìn)行比較。人類的5.8S rRNA與酵母的5.8S rRNA具有75％的同一性^[4]。在姊妹種情況下比較包括在物種和系統(tǒng)發(fā)生學(xué)中的ITS束則比較順利^[5][6]。rDNA序列的不同編碼區(qū)重復(fù)序列通常表現(xiàn)出不同的進(jìn)化速率。其結(jié)果是，這種DNA可以提供屬于全系統(tǒng)級(jí)別的物種的系統(tǒng)發(fā)生學(xué)信息^[7]。

注釋

1. ↑ ^{1.0 1.1 1.2} doi:10.1128/MMBR.00011-08
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2. ↑ ^{2.0 2.1} PMID 7490776（PubMed）
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3. ↑ PMID 15215676（PubMed）
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4. ↑ PMID 1252408（PubMed）
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5. ↑ Ma YJ, Qu FY, Xu JJ. (1998). "Sequence differences of rDNA-ITS2 and species-diagnostic PCR assay of Anopheles sinensis and Anopheles anthropophagus from China. J Med Coll PLA 13: 123-128. PDF.
6. ↑ Li C, Lee JS, Groebner JL, Kim HC, Klein TA, O'Guinn ML, Wilkerson RC (2005). "A newly recognized species in the Anopheles hyrcanus group and molecular identification of related species from the Republic of South Korea (Diptera: Culicidae)." Zootaxa 939: 1-8. PDF.
7. ↑ PMID 1784710（PubMed）
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參考來源

• 維基百科-核糖體DNA

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